ارسطو آموزه جوهر را عمدتا در دو کتاب مقولات و متافیزیک مطرح کرده است. مطالعه این دو کتاب، ممکن است این مطلب را به ذهن متبادر سازد که گویا ملاک های مطرح شده برای جوهر، در این دو کتاب، کاملا بر هم منطبق نیستند، بلکه ملاک های پیشنهاد شده برای جوهر و در نتیجه، مصادیق جوهر، در این دو اثر، با هم تفاوت دارند. گذشته از تاثیری که ممکن است گذر زمان و تحول فکری ارسطو به جا گذاشته باشد، اختلاف موجود در میان این دو کتاب را می توان به اختلاف در رویکردهای اتخاذ شده در هر یک از دو کتاب بازگرداند. در کتاب مقولات، که به واقع اثری منطقی- فلسفی شمرده می شود، به جنبه های ذهنی و ارتباط میان مفاهیم نیز پرداخته شده است، از این رو، در کتاب یاد شده، برخی از مفاهیم کلی ذهنی هم به نوعی «جوهر» - البته در معنای ثانوی آن – دانسته شده اند. اما در کتاب متافیزیک، رویکردی کاملا مابعدالطبیعی اتخاذ شده است؛ بنابراین، در این کتاب، از جواهر ثانوی سخنی به میان نمی آید. ارسطو در متافیزیک جواهر را به عنوان مصادیق واقعی موجود معرفی می کند، بر این اساس، از نظر ارسطو، مطالعه واقعیت به مطالعه جواهر خلاصه می شود، و موضوع فلسفه «جوهر» است. گفتنی است که تنها با نوآوری های فیلسوفانی چون فارابی و ابن سینا بود که فلسفه وجود، جایگزین فلسفه جوهر گردید.
