الهیات سلبی در مقابل الهیات ایجابی مسیر متفاوتی را در خداشناسی عرضه می کند و منکر معرفت اثباتی از خداست. اما در مدرسه کلامی خراسان، الهیات سلبی نقش مکمل معرفتی ایجابی را ایفا می کند که از آن با عنوان معرفت فطری یا قلبی یاد می شود. از این رو هرچند این مدرسه الهیات سلبی را قبول دارد، اما منکر معرفت اثباتی از خدا نیست. از دیدگاه این مدرسه، انسان ها پیش از ورود به جهان کنونی، حامل معرفتی قلبی و اثباتی از خدا شده اند که البته در دنیا نوعاً از آن غافلند و فلسفه ارسال پیامبران، برداشتن حجاب غفلت و تذکر به همین فطرت و نعمت فراموش شده است. اما عقل انسان نیز می تواند پس از اثبات مبدأ جهان، از طریق تفسیر سلبی صفات الهی، به شناختی از خدا بدون تشبیه نائل آید و در واقع، خدایی را که قلباً شناخته است، با عقل توضیح دهد و منظور از مکمل بودن همین است، نه اینکه الهیات سلبی چیزی بر معرفت قلبی می افزاید. دلیل و مبنای اصلی نفی الهیات ایجابی در این مدرسه فکری، نفی تشبیه است. البته در زمینه تفسیر چگونگی مکمل بودن الهیات سلبی، اختلاف نظرهایی در میان بزرگان مدرسه خراسان وجود دارد که به وجودشناسی صفات الهی و اثبات و نفی صفت برمی گردد. در بیان دیدگاه های مطرح در مدرسه خراسان، به دیدگاه آیت الله میرزا مهدی اصفهانی، بنیانگذار این مدرسه و سه شاگرد برجسته او یعنی آیت الله مجتبی قزوینی،آیت الله ملکی میانجی و آیت الله مروارید اکتفا کرده ایم.
