از نظر ملاصدرا، تنها گونهٔ ممکن شناخت درست و معتبر نسبت به خداوند علم حضوری است. اما به نظر می رسد که علم حضوری انسان نسبت به خداوند خالی از اشکال و ابهام نباشد. با توجه به سایر اصول و مبانی ملاصدرا در حکمت متعالیه می توان گفت که قائل شدن به علم حضوری در منظومهٔ فکری و نظام فلسفی ملاصدرا با سایر بخش های فلسفهٔ صدرایی ناسازگار است. در این مقاله، شش مورد از این ناسازگاری ها تحت عنوان «تأمل» مطرح شده است: معضل صدق در علم حضوری به خدا، غفلت از خدا، شناخت غیرخدا، عدم شناخت واسطه های میان انسان و خدا، عدم امکان شناخت چیزی غیر از ذات خود در علم حضوری و عدم امکان شناخت ذات و صفات خداوند. به نظر می رسد ملاصدرا قصد دارد نشان دهد که راه حل این مسئله در قلمروی فراسوی تفکر فلسفی است، به طوری که ملاصدرا با نظام بزرگ فلسفهٔ خود در پی آن است که تمهیدی را برای ورود به آن عرصه مهیا کند. لذا حکمت متعالیه در نهایت چیزی نیست جز مقدمه ای برای تعالی انسان، که این تعالی از سنخ کاوش ها و فعالیت های نظری و فلسفی نیست، بلکه کاملاً عرفانی و نیازمند سیر و سلوک عرفانی است.
