دیدگاه علامه طباطبایی درباره پیوند دین و فلسفه را می توان در دو مقام پدیداری و فهم ره گیری کرد. نسبت دین و فلسفه در مقام پدیداری از حیثیات مختلفی نظیر روش، مسائل، زبان و زمان مورد بررسی قرار می گیرد. در این نظریه به جهت مرموز و مجهول دانستن روش وحیانی امکان تبیین نسبتِ روشیِ دین و فلسفه وجود ندارد. متون دینی در تبیین معارف عالی خود از همان زبان مرسوم میان مردم بهره می برند که از جمله اعتباریات محسوب می شود و نسبت آن با حقایق محاکی از آن نسبت مثل به ممثل است. همچنین اوج دین از دیدگاه علامه طباطبایی زماناً متأخر از اوج فلسفه حادث شده است. مناسبات دین و فلسفه در مقام فهم نیز عبارت است از روش هایی زبانی مبتنی بر تفسیر قرآن به قرآن که دانش فلسفه را با فهم صحیح از متون دینی به جایگاهی می رساند که کمال آن در فلسفه ای دینی متجلی می شود که در آن همه قضایای نظری و عملی بالتحلیل به اصل توحید بازگشت داشته باشد.
