واژه های «تفسیر و تأویل» از نظر مفسران متقدم و متاخر دارای معانی متفاوتی است. متقدمان این دو واژه را به جای یکدیگر به کار برده اند اما متأخران، تفسیر را در معنای کشف معانی الفاظ و یا مراد الهی و تأویل را در معنای حمل کلام بر خلاف ظاهر و یا فهم معانی باطنی استعمال نموده اند. امام خمینی بر خلاف این دو گروه تفسیر را کشف مقصود نهایی خداوند از کلام دانسته است و همین معنا را مآل تأویل نیز بر می شمارد. ازاین رو برخورداری قرآن از معانی باطنی، امکان دستیابی به آن، جامع نگری بین جهات مادی و معنوی و همسوییِ معانی ظاهری و تأویلی، از جمله پیش فرض های امام خمینی در کشف مقاصد کلام خداوند است. همچنین اتکای ایشان به روایات اهل بیت(ع)، تلاش جهت تحصیل طهارت باطنی و تهذیب نفس و نیز استفاده از تأویلات تطبیقی به معنای عرضه حال خویش بر پیام های عرفانی آیات، ازجمله ویژگی های روشی امام خمینی در تفسیر آیات است.
