تشکیلات عصر صفوی در عصر شاه اسماعیل همواره در حال جابه جایی ازنقطه ای به نقطه ای دیگر بود. در دوره شاه طهماسب علاوه بر تنظیم دفاتر دیوانی در محل مرکز قدرت سیاسی، دفتر خانه در کنار دربار حکومتی استقرار یافت. اگر چه گزارش های تاریخی از چگونگی این اسناد و دفاتر به طور مستقیم سخنی نگفته اند، اما زمانی که از عناصر و عوامل دیوان های دولتی گفتگو می کنند، اطلاعات پراکنده ای از این تشکیلات به دست می دهند. این گزارش های ضمنی برای مطالعه و بررسی دفاتر دیوانی عصر صفوی اهمیت زیادی دارند؛ چرا که حکومت صفوی بیش از دو قرن ادامه یافت و میراث گرانبهایی در ابعاد سیاسی، اقتصادی و اجتماعی از خود به یادگار گذاشت که بخشی از مستندات آن در دفاتر دیوانی ثبت و ضبط شده است و امروزه در دسترس نیست. بنابر این آنچه که امروزه در باره این دفاتر قابل بحث و بررسی است، علت و چگونگی امحای این دفاتر دیوانی است. علی رغم نبود گزارش شاهدان عینی و مورخان معاصر تهاجم افاغنه، همواره محققان و پژوهشگران تاریخ، نابودی آن ها را فقط به حمله افاغنه نسبت می دهند، در حالی که بخشی از علل چنین اقدامی را باید یا در روحیات ماجراجوئی حکمرانان و منفعت طلبی عناصری دید که منافع خویش را در نابودی این دفاتر می دیدند و یا ناشی از بی مبالاتی فرمانروایان و حکمرانانی دانست که تعلق خاطری به آثار و اسناد تاریخی نداشتند.
