ترکمن هاو قاجارها با توجه به ریشه های مشترکی که دارند، در ابتدای دوره ی قاجار با یکدیگر همکاری صمیمانه ای داشتند. طوایف مختلف ترکمن در روی کار آمدن قاجارها نقش مهمی ایفا کردند. آقامحمد خان با اینکه در آغاز کار از وجود ترکمن ها برای تثبیت قدرت خود استفاده نمود، در نهایت نتوانست آنان را تحمل کند و درصدد سرکوبشان برآمد. به دلایلی، کینه و عداوت شدیدی میان این دو طایفه بروز کرد که تا پایان حکومت قاجاری ادامه یافت. جنگ های به وجود آمده میان این دو قدرت، باعث گردید نظارت دولت مرکزی ایران، بر سرزمین های ترکمن نشین مبهم و بی تأثیر شود و به تدریج حاکمیت دولت مرکزی بر آن ناحیه، از بین برود.
