استاد مطهرى حقوق طبیعى و فطرى را مبنا و پشتوانه حقوق موضوعه بسیارى از مقررات و قوانین اسلامى از جمله مقررات درباره طبیعت و محیط زیست و حیوانات مى داند و تفسیر برخى از حقوق را بدون توجه به حقوق طبیعى و اصل غایى ناممکن مى انگارد. این مسئله تنها در فلسفه الهى مطرح است و فلسفه مادى غرب اگرچه به حقوق بشر, طبیعت, حیوانات و محیط زیست پرداخته, مبناى صحیحى براى توجیه آن ندارد; زیرا به اصل غائیت و هدف دارى جهان هستى توجه نمى کند. وى نام این نظریه را حقوق فطرى و طبیعى یا (نظریه حقوق عقلى) مى نامد که بر چند اصل استوار است: اصل غائیت, اصل هماهنگى نظام تکوین و نظام تشریع, اصل هم دوشى حق و تکلیف و حقوق طبیعى.
